工农红军法令确立了苏维埃共和国武装部队的基本建设原则，为苏俄红军的建设奠定了基础。不久，各级苏维埃成立了军事部。1918年1月，叶戈罗夫在全俄中央执行委员会军事部任职，负责检查苏维埃军队的组织和训练情况。
同年5月，叶戈罗夫升任红军选拔旧军官最高鉴定委员会主席、全俄总司令部政治委员。他力主建立一支具有严格纪律的正规军。在呈列宁的报告中，他陈述了关于设立共和国武装力量总司令职务和建立直属于总司令的联合司令部的必要性。7月10日，苏维埃第5次代表大会通过了关于建立社会主义红军的决议，决定建立集中的、有纪律的、训练和装备良好的红军，保卫苏维埃国家。
参加国内革命战争
为了保卫新生的共和国，苏维埃政府除了坚决镇压国内破坏分子和恐怖分子外，对叛乱者采取了无情打击。1918年6月，苏维埃在伏尔加河中游地区建立了东方战线。9月，又建立了包括5个集团军的南方方面军。叶戈罗夫担任第9集团军的司令员，不久，又改任第10集团军司令员，率部参加了国内革命战争中著名的察里津保卫战。
1919年，协约国组织了对苏维埃的干涉行动，其主力邓尼金部队在协约国的军事援助下，向苏维埃南部发动了全面进攻。叶戈罗夫任第14集团军司令员，他在第聂伯河左岸乌克兰地区挫败了白卫军的进攻。10月初，叶戈罗夫担任南方方面军司令员。他根据当时的战场形势，制定作战方案，选择了翼侧向心突击这一果断的战役机动样式，力求达到对敌军主力的合围。