数月后，也就是康熙四十二年(1703)正月，原班人员起程南行，途经济南，参观珍珠泉、趵突泉，过泰安州，登泰山。途经沂州府蒙阴县，胤祺作《过蒙阴》诗。在宿迁县阅堤工，渡过黄河。经淮安、扬州，在瓜洲渡长江，到达镇江，登金山江天寺，康熙为它书写“动静万古”匾额，胤祺作诗云： “宿暮金山寺，今方识化城。雨昏春嶂合，石激晚渐鸣。不辨江天色，惟闻钟磬声。因知羁旅境，触景易生情。”继续南行，乘船至苏州，作《雨中泊枫桥遥对虎阜》诗记兴： “维舫枫桥晚，悠悠见虎邱。塔标云影直，钟度雨声幽。僧舍当门竹，渔家隔浦舟。茫茫吴越事，都付与东流。”途经嘉兴，到杭州，在演武厅，胤祺同父皇、兄弟等射箭。到这儿以后，父子起程回京，路过江宁(今南京市),康熙命从行大学士祭明太祖孝陵。后经由江苏沛县、山东东平州(今东平县)、东昌府(今聊城)等地，在三月间回到京师。此行，康熙携同胤祺弟兄察阅了徐家湾、高家堰、翟家霸堤、祥符闸、新河口等处。因黄淮工程，康熙皇帝颁诏天下，赐复条款三十八项。此行使胤祺了解了黄淮河道工程及江南民情，也是他终身仅有的一次大江南北之行。