九月二十一日，慈禧太后从颐和园回来，光绪慌忙跪地迎接，慈禧太后声色俱厉地把他训斥了一番，以光绪的名义下了两道“上谕”，宣告光绪退位，自己重新训政。
慈禧把光绪囚于瀛台，又捉住了康广仁、杨深秀、杨锐、林旭、谭嗣同、刘光第六人，并将他们杀之于北京菜市口，史称“戊戌六君子”。
从光绪二十四年（公元1898年）六月十一日光绪发布《定国是诏》始，到九月二十一日慈禧重新执政，前后共103天，史称“百日维新”，又因光绪二十四年是戊戌年，故又称“戊戌变法”。这场维新变法运动就像变戏法一样地失败了。
帝国主义列强看到这种情况，知道中国政治更加腐败，便又大举进攻中国，而国内反帝爱国的义和团运动也轰轰烈烈，在这两股力量的夹击之下，慈禧集团无力应付，但又对列强宣战，后来被迫逃出北京。这时的光绪帝虽是一囚徒，对时局却有清醒的认识，他仍希望暂时稳住帝国主义列强，待国力强盛之后再图良策，但终未被慈禧接受。